En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.
En especifico era el enunciado del uso tr
read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)
exec tr "[:upper:]" "[:lower:]" < ../step3_pbcsetup.str | sed -e "s/ =//g" > step3_charmm2namd.str
Esto fue solucionado por el programa
con lo que se consiguió que los script de equilibrio funcionaran.
Ver resultados en el siguiente post
