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Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del mismo luego Nos da esta informacion, donde buscamos el CSML, para ver si existen los parametros para esta molecula. Nos dice que esta, de dos formas la forma BENZ y la forma CHXE Asi que […]
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero presento problemas, retomare para ver si he pasado por alto algunos detalles que antes desconocia. Lo primero que pide es una molecula en formato .mol2 con todos los hidrogenos agregados, esto lo realice con […]
Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and unpack the latest CHARMM force field distribution Overwrite the main CGenFF topology and parameter files downladed in the previous step with the CGenFF version that is compatible with the toppar file(s) you got out of the CGenFF program […]
Investigadores de Cochrane Ecuador y el Centro de Investigación en Salud Pública y Epidemiología (CISPEC) de la UTE presentaron una nueva revisión sistémica que evidencia los medicamentos más eficaces contra el mal de altura, popularmente conocido como soroche. “Para cualquier condición lo mejor es prevenir y en casos como el mal de altura, en donde […]
Cristina Avendaño, presidenta de la Sociedad Española de Farmacología Clínica (SEFC), ha participado en las III Jornadas Científicas de la Sociedad y ha llamado a seguir evaluando la utilidad de la farmacogenética para la optimización terapéutica. Ha recordado, en este sentido, que la aplicación de estas técnicas tiene como objetivo “conseguir una medicina individualizada, es decir, administrar […]
QuickFF is a Python package developed at the Center for Molecular Modeling (CMM) to quickly derive accurate force fields from ab initio calculations. This website contains all information on how to install and use QuickFF. A detailed description of the methodology used by QuickFF to derive the force fields can be found in the corresponding papers. QuickFF literature […]
28 June, 2019 Related: Fix Python 2 error Visual C++ 10.0 missing vcvarsall.bat Fix the error for Python on Windows: error Microsoft Visual C++ 14.0 is required as follows. Visual Studio Studio Build Tools requires about 3 GB of disk space. Python version Visual Studio 2.7, 3.4 2010 3.5 2015 / 2017 3.6, 3.7, 3.8 2017 […]
MDAnalysis documentation¶ Release: 0.19.2 Date: Nov 08, 2018 MDAnalysis (www.mdanalysis.org) is an object-oriented python toolkit to analyze molecular dynamics trajectories generated by CHARMM, Gromacs, Amber, NAMD, LAMMPS, DL_POLY and other packages; it also reads other formats (e.g., PDB files and XYZ format trajectories; see Table of supported coordinate formats and Table of Supported Topology Formats for the full lists). It can write most of these formats, too, together with atom selections […]
Oppenauer oxidation, named after Rupert Viktor Oppenauer [de], is a gentle method for selectively oxidizing secondary alcohols to ketones. The reaction is the opposite of Meerwein–Ponndorf–Verley reduction. The alcohol is oxidized with aluminium isopropoxide in excess acetone. This shifts the equilibrium toward the product side. The oxidation is highly selective for secondary alcohols and does not […]