http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.11/notes.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.10/ug/node84.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/SLURM https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/namd-l.2015-2016/1054.html https://www.nvidia.com/es-es/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/ https://scitas-data.epfl.ch/confluence/display/DOC/How+to+launch+NAMD
Autor: SCOTTxRT
Procedimiento DM MR/adosterona.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro del PDB, cargamos Ligand ID as4, y vemos la conformación correcta, para luego seguir al siguiente paso.. Next. Tomamos el ligando AS4, que ahora se llamara LIG comprobamos la estructura del ligando Does not show […]
MD 2AA2 With AS4 (Aldosterone) Production
Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0
RMSD analysis of trajectory (DCD file) using VMD
Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from the University of Illinois (http://www.ks.uiuc.edu/). VMD is a powerful tool for analysis of structures and trajectories. Numerous tools for analysis are available under the VMD Main menu item Extensions $ \rightarrow $ Analysis. In addition […]
MD 2AA2 with AS4 (aldosterone) equilibration
Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)
Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.En especifico era el enunciado del uso tr read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)exec tr “[:upper:]” “[:lower:]” < ../step3_pbcsetup.str | sed -e “s/ =//g” […]
TEST III CCgenFF with aldosterone/ MR CHARMM-GUI
Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron solucionados luego, si desea saltarse ese texto vaya a hasta donde dice LEER DESDE AQUÍ El archivo utilizado esta ubicado en el dropbox con el nombre E:\Dropbox\Internado_QYFA_JMCaro\Estructuras MR\MR_Aldo\din1\Aldo Luego se formo un complejo entre MR […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI
Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del mismo luego Nos da esta informacion, donde buscamos el CSML, para ver si existen los parametros para esta molecula. Nos dice que esta, de dos formas la forma BENZ y la forma CHXE Asi que […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero presento problemas, retomare para ver si he pasado por alto algunos detalles que antes desconocia. Lo primero que pide es una molecula en formato .mol2 con todos los hidrogenos agregados, esto lo realice con […]
CGenFF running simulations with other programs
Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and unpack the latest CHARMM force field distribution Overwrite the main CGenFF topology and parameter files downladed in the previous step with the CGenFF version that is compatible with the toppar file(s) you got out of the CGenFF program […]