Dinamica molecular

TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI

Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del mismo luego Nos da esta informacion, donde buscamos el CSML, para ver si existen los parametros para esta molecula. Nos dice que esta, de dos formas la forma BENZ y la forma CHXE Asi que […]

Dinamica molecular

CGenFF running simulations with other programs

Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and unpack the latest CHARMM force field distribution Overwrite the main CGenFF topology and parameter files downladed in the previous step with the CGenFF version that is compatible with the toppar file(s) you got out of the CGenFF program […]

clinica Farmacología

6 medicamentos más eficaces contra el mal de altura

Investigadores de Cochrane Ecuador y el Centro de Investigación en Salud Pública y Epidemiología (CISPEC) de la UTE presentaron una nueva revisión sistémica que evidencia los medicamentos más eficaces contra el mal de altura, popularmente conocido como soroche. “Para cualquier condición lo mejor es prevenir y en casos como el mal de altura, en donde […]

Farmacogenética

Los farmacólogos clínicos avanzan con prudencia en el uso de la farmacogenética

Cristina Avendaño, presidenta de la Sociedad Española de Farmacología Clínica (SEFC), ha participado en las III Jornadas Científicas de la Sociedad y ha llamado a seguir evaluando la utilidad de la farmacogenética para la optimización terapéutica. Ha recordado, en este sentido, que la aplicación de estas técnicas tiene como objetivo “conseguir una medicina individualizada, es decir, administrar […]

Dinamica molecular

QuickFF

QuickFF is a Python package developed at the Center for Molecular Modeling (CMM) to quickly derive accurate force fields from ab initio calculations. This website contains all information on how to install and use QuickFF. A detailed description of the methodology used by QuickFF to derive the force fields can be found in the corresponding papers. QuickFF literature […]

Dinamica molecular

MDAnalysis

MDAnalysis documentation¶ Release: 0.19.2 Date: Nov 08, 2018 MDAnalysis (www.mdanalysis.org) is an object-oriented python toolkit to analyze molecular dynamics trajectories generated by CHARMM, Gromacs, Amber, NAMD, LAMMPS, DL_POLY and other packages; it also reads other formats (e.g., PDB files and XYZ format trajectories; see Table of supported coordinate formats and Table of Supported Topology Formats for the full lists). It can write most of these formats, too, together with atom selections […]

Química

Oppenauer oxidation

Oppenauer oxidation, named after Rupert Viktor Oppenauer [de], is a gentle method for selectively oxidizing secondary alcohols to ketones. The reaction is the opposite of Meerwein–Ponndorf–Verley reduction. The alcohol is oxidized with aluminium isopropoxide in excess acetone. This shifts the equilibrium toward the product side. The oxidation is highly selective for secondary alcohols and does not […]