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CHARMM Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por cantidades considerables de partículas, con un conjunto integral de funciones de energía, variedad en métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de múltiples escalas que incluyen QM / MM, MM / CG y una gama de modelos de […]
Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 frames Alineacion RMSD, desde protein.2AAX with HCY RMSD, desde protein.2AA2 with AS4 Resultados RMSD, desde ligand 2AAX with HCY Resultados RMSD, desde ligand 2AA2 with AS4
http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.11/notes.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.10/ug/node84.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/SLURM https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/namd-l.2015-2016/1054.html https://www.nvidia.com/es-es/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/ https://scitas-data.epfl.ch/confluence/display/DOC/How+to+launch+NAMD
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro del PDB, cargamos Ligand ID as4, y vemos la conformación correcta, para luego seguir al siguiente paso.. Next. Tomamos el ligando AS4, que ahora se llamara LIG comprobamos la estructura del ligando Does not show […]
Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0
Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from the University of Illinois (http://www.ks.uiuc.edu/). VMD is a powerful tool for analysis of structures and trajectories. Numerous tools for analysis are available under the VMD Main menu item Extensions $ \rightarrow $ Analysis. In addition […]
Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.En especifico era el enunciado del uso tr read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)exec tr “[:upper:]” “[:lower:]” < ../step3_pbcsetup.str | sed -e “s/ =//g” […]
Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron solucionados luego, si desea saltarse ese texto vaya a hasta donde dice LEER DESDE AQUÍ El archivo utilizado esta ubicado en el dropbox con el nombre E:\Dropbox\Internado_QYFA_JMCaro\Estructuras MR\MR_Aldo\din1\Aldo Luego se formo un complejo entre MR […]