La posibilidad de que un compuesto modifique un sitio o función por la acción de una molécula orgánica de bajo peso molecular depende de la presencia de un sitio de unión para el fármaco para el que tenga afinidad y selectividad considerables.
Si el sitio de acción es una enzima o un receptor para un ligando pequeño, esto constituye un aliciente.
Si, por ejemplo, el objetivo está relacionado con otra proteína que se sabe tiene un sitio de unión para un ligando regulador, esto puede ser esperanzador. Sin embargo, si se sabe que el ligando es un péptido grande o proteínas con un grupo amplio de contactos con su receptor, el reto es mucho mayor.
Si el objetivo es alterar las interacciones entre dos proteínas, podría ser necesario encontrar “un punto activo” que será crucial para la interacción entre proteínas y tal región podría no detectarse. La accesibilidad del fármaco a su sitio de acción también es fundamental. Los objetivos extracelulares son intrínsecamente de fácil acceso y en términos generales, sólo los objetivos extracelulares son accesibles a los fármacos constituidos por macromoléculas.
