Dinamica molecular

Uso VMD, NAMD ENERGY

Calculo de Energias VDW, y Elec. Es necesario poseer .psf .pdb .dcd. y especificar los 2 componentes a medir. Basic Usage NAMDEnergy operates on either one or two selections; if only one selection is chosen, then internal energies for that selection will be calculated, whereas if two selections are chosen, only interaction energies between those […]

Dinamica molecular

TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI

Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del mismo luego Nos da esta informacion, donde buscamos el CSML, para ver si existen los parametros para esta molecula. Nos dice que esta, de dos formas la forma BENZ y la forma CHXE Asi que […]