Dinamica molecular
LigandScout mapas de interacción.
Farmacoforos, y residuos con mayor participación . obtencion del mapa de interaccion
Uso VMD, NAMD ENERGY
Calculo de Energias VDW, y Elec. Es necesario poseer .psf .pdb .dcd. y especificar los 2 componentes a medir. Basic Usage NAMDEnergy operates on either one or two selections; if only one selection is chosen, then internal energies for that selection will be calculated, whereas if two selections are chosen, only interaction energies between those […]
VMD Distance Measurements of a Simulation in NAMD
uso se carga el script, con source distance.tcl y luego Se necesita modificación en el uso de las comas/puntos para que la importacion de datos en excel sea mas expedita.Edición pendiente.
(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)
CHARMM Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por cantidades considerables de partículas, con un conjunto integral de funciones de energía, variedad en métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de múltiples escalas que incluyen QM / MM, MM / CG y una gama de modelos de […]
2AAX with HCY vs 2AA2 with AS4 molecular dynamics
Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 frames Alineacion RMSD, desde protein.2AAX with HCY RMSD, desde protein.2AA2 with AS4 Resultados RMSD, desde ligand 2AAX with HCY Resultados RMSD, desde ligand 2AA2 with AS4
Procedimiento DM MR/adosterona.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro del PDB, cargamos Ligand ID as4, y vemos la conformación correcta, para luego seguir al siguiente paso.. Next. Tomamos el ligando AS4, que ahora se llamara LIG comprobamos la estructura del ligando Does not show […]
MD 2AA2 With AS4 (Aldosterone) Production
Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0
RMSD analysis of trajectory (DCD file) using VMD
Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from the University of Illinois (http://www.ks.uiuc.edu/). VMD is a powerful tool for analysis of structures and trajectories. Numerous tools for analysis are available under the VMD Main menu item Extensions $ \rightarrow $ Analysis. In addition […]