Autor: SCOTTxRT
(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)
CHARMM Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por cantidades considerables de partículas, […]
2AAX with HCY vs 2AA2 with AS4 molecular dynamics
Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 […]
Links estudio
http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.11/notes.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.10/ug/node84.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/SLURM https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/namd-l.2015-2016/1054.html https://www.nvidia.com/es-es/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/ https://scitas-data.epfl.ch/confluence/display/DOC/How+to+launch+NAMD
Procedimiento DM MR/adosterona.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro […]
MD 2AA2 With AS4 (Aldosterone) Production
Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0
RMSD analysis of trajectory (DCD file) using VMD
Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from […]
MD 2AA2 with AS4 (aldosterone) equilibration
Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)
Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos […]