Ligand scout affinity method, with VMD pdb dcd

https://www.youtube.com/watch?v=YSNBjrnSwOA

LigandScout mapas de interacción.

https://www.facebook.com/SCOTTxRT/videos/10220211602497871/ Farmacoforos, y residuos con mayor participación . obtencion del mapa de interaccion MR aldosterona. ejemplo.

Uso VMD, NAMD ENERGY

https://www.facebook.com/SCOTTxRT/videos/10220201472204620/ Calculo de Energias VDW, y Elec. Es necesario poseer .psf .pdb .dcd. y especificar los 2 componentes a medir. Basic Usage NAMDEnergy operates on either one or two selections; if only one selection is chosen, then internal energies for that selection will be calculated, whereas if two selections are chosen, only interaction energies between those selections will be calculated. Selections are given using the standard VMD atom selection language. In addition to one or two atom selections, the user must also choose one or more energy types to be calculated. Choices are: bonds, angles, dihedrals, impropers, vdW energy, electrostatic energy, conformational energy (bonds, angles,

VMD Distance Measurements of a Simulation in NAMD

https://www.youtube.com/watch?v=KE268sYqrmw ###################### distance.tcl ######################## ## A script for calculating the distance between the center ## ## of mass of two selections for every frame that is ## ## currently in the top structure of VMD. The script will ## ## save the distance for every frame to the file "f_r_out". ## ## It will also save a histogram with N_d bins to the file ## ## "f_d_out".

RMSF analysis of trajectory (DCD file) using VMD

https://www.youtube.com/watch?v=CkCREhk1SL4

(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)

CHARMM  Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por  cantidades considerables de partículas, con un conjunto integral de funciones de energía, variedad en métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de múltiples escalas que incluyen QM / MM, MM / CG y una gama de modelos de solventes implícitos. CHARMM esta centrado principalmente en sistemas biológicos que incluyen péptidos, proteínas, grupos prostéticos, ligandos de moléculas pequeñas, ácidos nucleicos, lípidos y carbohidratos, ya que ocurren en soluciones, cristales y ambientes de membrana. Además, contiene un conjunto completo de herramientas de análisis y creación de

2AAX with HCY vs 2AA2 with AS4 molecular dynamics

Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 frames https://www.youtube.com/watch?v=tE-vuQ9LgYE 2AAX with HCY https://www.youtube.com/watch?v=04bcLhtGpHo 2AA2 with AS4 Alineacion RMSD, desde protein.2AAX with HCY RMSD, desde protein.2AA2 with AS4 Resultados RMSD, desde ligand 2AAX with HCY Resultados RMSD, desde ligand 2AA2 with AS4

Procedimiento DM MR/adosterona.

http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro del PDB, cargamos Ligand ID as4, y vemos la conformación correcta, para luego seguir al siguiente paso.. Next. Tomamos el ligando AS4, que ahora se llamara LIG comprobamos la estructura del ligando Does not show extra ring , the modification has been successful The solution builder. Se carga el ligando LIG y se agrega la mutacion Mutation La lógica aplicada es, existía una CYS, la cual se muto a SER, así que volveremos esa SER a CYS resultado https://youtu.be/0EBQzhKVz9k equilibration https://youtu.be/r9Qdd6Rmf2Y production resultados https://www.dropbox.com/sh/y48qxwtsm4ttipf/AABCaeQgCeYpUcaHvKBg3awGa?dl=0

MD 2AA2 With AS4 (Aldosterone) Production

https://www.youtube.com/watch?v=V9QE4RNzdQo Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0

RMSD analysis of trajectory (DCD file) using VMD

https://www.youtube.com/watch?v=hSgeu49xpys Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from the University of Illinois (http://www.ks.uiuc.edu/). VMD is a powerful tool for analysis of structures and trajectories. Numerous tools for analysis are available under the VMD Main menu item Extensions $ \rightarrow $ Analysis. In addition to these built-in tools, VMD users often use custom-written scripts to analyze desired properties of the simulated systems. VMD Tcl scripting capabilities are very extensive, and provide boundless opportunities for analysis. Example of a built-in analysis tool: the RMSD Trajectory Tool The built-in analysis tools

MD 2AA2 with AS4 (aldosterone) equilibration

https://www.youtube.com/watch?v=QI-adzxNgSE Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción.Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)

Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10

En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.En especifico era el enunciado del uso tr read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)exec tr "[:upper:]" "[:lower:]" < ../step3_pbcsetup.str | sed -e "s/ =//g" > step3_charmm2namd.str Esto fue solucionado por el programa Cygwin64 con lo que se consiguió que los script de equilibrio funcionaran. Ver resultados en el siguiente post http://rtech.cl/md-2aa2-with-as4-aldosterone-equilibration/
Biofísica libro

Que es la vida?

Descargar : https://drive.google.com/open?id=1s-GtW0RWqPxa7jXq6W36u65UYNBDUgiU Descargar : https://drive.google.com/open?id=1s-GtW0RWqPxa7jXq6W36u65UYNBDUgiU Capítulo 1. PERSPECTIVA DESDE LA FÍSICA CLÁSICA Características generales y propósito de la investigación Física estadística. La diferencia fundamental en estructura La perspectiva del físico ingenuo ¿Por qué son tan pequeños los átomos? Pues bien, ¿por qué son tan pequeños los átomos? El funcionamiento de un organismo requiere leyes […]

Encontrándose en una de las islas de la zona tropical del Pacífico, ¿cómo se podría mover sin emplear instrumento alguno, una carga de tres toneladas, digamos, un peñasco de granito puro, de 30 metros de largo y de 5 metros de alto?

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La órbita de la Luna

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Nitinol

El Nitinol es una aleación de níquel y titanio que tiene memoria de forma. Si lo deformamos plásticamente y posteriormente lo calentamos recuperará su forma original. Mediante calentamiento bajo tensión es posible darle una nueva forma. Un material con memoria de forma puede recuperar su forma después de deformarlo de una manera aparentemente irreversible. En […]

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