CHARMM 

Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por  cantidades considerables de partículas, con un conjunto integral de funciones de energía, variedad en métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de múltiples escalas que incluyen QM / MM, MM / CG y una gama de modelos de solventes implícitos.

CHARMM esta centrado principalmente en sistemas biológicos que incluyen péptidos, proteínas, grupos prostéticos, ligandos de moléculas pequeñas, ácidos nucleicos, lípidos y carbohidratos, ya que ocurren en soluciones, cristales y ambientes de membrana. Además, contiene un conjunto completo de herramientas de análisis y creación de modelos.  CHARMM logra un alto rendimiento en una variedad de plataformas, incluidos clústeres paralelos y GPU. CHARMM es mantenido activamente por un gran grupo de desarrolladores liderados por Martin Karplus.

CHARMM-GUI

Desde su desarrollo original en 2006, CHARMM-GUI ha demostrado ser una plataforma basada en la web ideal para construir de manera interactiva sistemas complejos y preparar sus entradas con protocolos de simulación bien establecidos y reproducibles para simulaciones biomoleculares de última generación que utilizan ampliamente paquetes de simulación como CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond y OpenMM.

El proyecto de desarrollo CHARMM-GUI ha sido ampliamente adoptado para variados propósitos y ahora contiene numerosos módulos diferentes, diseñados para configurar una amplia gama de sistemas de simulación biomolecular.El proyecto de desarrollo CHARMM-GUI aún está en curso. Sus funcionalidades no solo se basan en las solicitudes de usuarios generales y desarrolladores, sino también en la necesidad emergente de una plataforma unificada para preparar y ejecutar varios enfoques de simulación avanzada que se mantiene en un constante desarrollo por diversos equipos de trabajo de distintas comunidades y creadores de paquetes de simulación. CHARMM-GUI continuará apoyando a investigadores expertos y no expertos de una gama más amplia de la comunidad de modelado y simulación para construir los sistemas biomoleculares complejos de interés, ayudando así a preparar los archivos de entrada para cualquier simulación y modelado en general. En un futuro CHARMM-GUI proporcionará un recurso en línea único y eficaz para que la comunidad de investigación biomédica lleve a cabo novedosas e innovadoras investigaciones de simulación y modelado biomolecular. (http://www.charmm-gui.org/)