RMSF analysis of trajectory (DCD file) using VMD

VMD Distance Measurements of a Simulation in NAMD

uso se carga el script, con source distance.tcl y luego Se necesita modificación en el uso de las comas/puntos para que la importacion de datos en excel sea mas expedita.Edición pendiente.

Ligand scout affinity method, with VMD pdb dcd

Uso VMD, NAMD ENERGY

Calculo de Energias VDW, y Elec. Es necesario poseer .psf .pdb .dcd. y especificar los 2 componentes a medir. Basic Usage NAMDEnergy operates on either one or two selections; if only one selection is chosen, then internal energies for that selection will be calculated, whereas if two selections are chosen, only interaction energies between those […]