Dinamica molecular

TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI

Se utilizó

http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader

donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB

leyo la informacion del mismo

luego

Nos da esta informacion, donde buscamos el CSML, para ver si existen los parametros para esta molecula.

Nos dice que esta, de dos formas

la forma BENZ

y la forma CHXE

Asi que nos quedamos con la primera y avanzamos

lo cual nos entrega los siguientes archivos

o sino utilizar la opción

descargar .tgz. Este archivo comprimido trae muchas cosas mas.

Ahora retomamos el post llamado http://rtech.cl/cgenff-running-simulations-with-other-programs/

El cual nos dice como crear el archivo .conf para namd2.

Pero encontré los siguientes errores.

el parámetro molecule.str, en este caso step1_pdbreader.str, no lo lee el config, asi que no se menciono.
el archivo de parámetros toppar_water_ions_namd.str no fue suficiente para ver algunos parámetros Vdw, con el atomo O, asi que se modifico esta configuración quedando de esta manera

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
#############################################################structure step1_pdbreader.psf
coordinates step1_pdbreader.pdb

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################mergeCrossterms yes
parameters toppar/par_all36_carb.prm
parameters toppar/par_all36_cgenff.prm
parameters toppar/par_all36_lipid.prm
parameters toppar/par_all36_na.prm
parameters toppar/par_all36m_prot.prm
parameters toppar/toppar_water_ions_namd.str

Lo que funciono, dando problemas solo en el tamaño de las boundaries condition, por causas obvias, la molécula de benceno sale libre por el espacio, saliendo rápidamente de escena.

Faltaría depurar esta caja, pero no es motivo de este experimento.

Muestra resultado , con posición restringida para que no se pierda del foco de la cámara

CHARMM-GUI

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