Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron solucionados luego, si desea saltarse ese texto vaya a hasta donde dice LEER DESDE AQUÍ
![](https://i.imgur.com/K9KrHId.png)
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader
![](https://i.imgur.com/eb9q1od.png)
donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrógenos en formato PDB
![](https://i.imgur.com/z7WNXAh.png)
![](https://i.imgur.com/6oBW04p.png)
Del complejo creado, no leyó el residuo del ligando LIG
lineas 4608-4620
CONECT 4206 4208 4204 4207
CONECT 4222 4219 4224 4225 4223
CONECT 4227 4226
CONECT 4228 4226
MODEL 2
HETATM 1 C1 LIG 1 -9.557 9.003 19.677 1.00 0.00 LIG C
HETATM 2 C2 LIG 1 -10.741 8.451 19.364 1.00 0.00 LIG C
HETATM 3 C3 LIG 1 -9.437 10.442 20.008 1.00 0.00 LIG C
HETATM 4 C4 LIG 1 -18.049 6.020 20.836 1.00 0.00 LIG C
HETATM 5 C5 LIG 1 -10.787 7.004 18.922 1.00 0.00 LIG C
HETATM 6 C6 LIG 1 -10.659 11.310 19.863 1.00 0.00 LIG C
HETATM 7 C7 LIG 1 -11.844 6.198 19.670 1.00 0.00 LIG C
HETATM 8 C8 LIG 1 -11.914 10.527 20.219 1.00 0.00 LIG C
Se procede a buscar en los videos tutoriales de CHARMM-GUI
Protein-Ligand Reading: General Ligand Reading Strategy (186L, 2OI0)
Que vemos de diferencia acá, que utiliza PDB online
Nuestro complejo protein/ligand tiene nombre 2AA2, asi que probare con eso.
![](https://i.imgur.com/h8qKnDP.png)
![](https://i.imgur.com/Zc1kCp6.png)
información de las moléculas pequeñas
![](https://i.imgur.com/CxhOEq2.png)
seleccionare los siguiente, imagen auto explicativa.
![](https://i.imgur.com/J3AutfW.png)
![](https://i.imgur.com/QYmJnF2.png)
El ligando se ve con un anillo que no esperabamos, error que también se tuvo con OPLS
Busco mas información en video tutoriales
Protein-Ligand Reading: Reading Custom Ligands (186L)
![](https://i.imgur.com/weF5eiu.png)
En la lectura del PDB 2AA2, notamos que el ligando AS4 volvió a presentar el problema de crear un anillo nuevo, pero modificando la molécula en base al nombre del ligando AS4 ,logramos una correcta presentación. Osea copiamos AS4 y lo pegamos en el primero, en la misma posición.
![](https://i.imgur.com/jQKQ5rJ.png)
![](https://i.imgur.com/1ayoX5p.png)
![](https://i.imgur.com/6LD2koZ.png)
![](https://i.imgur.com/FES8wem.png)
![](https://i.imgur.com/UYsAzAd.png)
![](https://i.imgur.com/cn5HbLe.png)
![](https://i.imgur.com/yEaxXiC.png)
![](https://i.imgur.com/ZRyjLiJ.png)
![](https://i.imgur.com/qsk8FDO.png)
![](https://i.imgur.com/4dwbqxD.png)
![](https://i.imgur.com/vTFz8FX.png)
![](https://i.imgur.com/UdEB20v.png)
![](https://i.imgur.com/IGQqklO.png)
Resultado final en
https://www.dropbox.com/sh/sze3g5t4c0gn3rs/AADNZiEPawJ_XqCQ6tUCzvDGa?dl=0
![](https://i.imgur.com/t9hyFqH.png)
y arroja este problema
![](https://i.imgur.com/iv6PGmE.png)
Con lo que tengo y modificando algunas cosas creo que correrá igual.
Ver solucion en el siguiente post