Farmacoforos, y residuos con mayor participación .
obtencion del mapa de interaccion
LigandScout mapas de interacción.
2AAX with HCY vs 2AA2 with AS4 molecular dynamics
Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 frames Alineacion RMSD, desde protein.2AAX with HCY RMSD, desde protein.2AA2 with AS4 Resultados RMSD, desde ligand 2AAX with HCY Resultados RMSD, desde ligand 2AA2 with AS4
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VMD Distance Measurements of a Simulation in NAMD
uso se carga el script, con source distance.tcl y luego Se necesita modificación en el uso de las comas/puntos para que la importacion de datos en excel sea mas expedita.Edición pendiente.
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Adapting Scientific Software and Designing Algorithms for Next Generation GPU Computing Platforms
ver_ http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/files/siam2019-softnextgenplatforms-stone.pdf