Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.En especifico era el enunciado del uso tr read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)exec tr “[:upper:]” “[:lower:]” < ../step3_pbcsetup.str | sed -e “s/ =//g” […]
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Uso VMD, NAMD ENERGY
Calculo de Energias VDW, y Elec. Es necesario poseer .psf .pdb .dcd. y especificar los 2 componentes a medir. Basic Usage NAMDEnergy operates on either one or two selections; if only one selection is chosen, then internal energies for that selection will be calculated, whereas if two selections are chosen, only interaction energies between those […]
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Mecanica y dinamica molecular clasica
La dinámica molecular (DM) es una técnica de simulación por computadora en la que se permite que átomos y moléculas interactúen por un período, permitiendo una visualización del movimiento de las partículas. Originalmente fue concebida dentro de la física teórica, aunque hoy en día se utiliza sobre todo en biofísica y ciencia de materiales. […]