Adapting Scientific Software and Designing Algorithms for Next Generation GPU Computing Platforms
ver_ http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/files/siam2019-softnextgenplatforms-stone.pdf
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2AAX with HCY vs 2AA2 with AS4 molecular dynamics
Calculos de strides optimos para los 50.000.000 frames, a los 100 ns. = 4 . Lo que da resultado 2500 frames Alineacion RMSD, desde protein.2AAX with HCY RMSD, desde protein.2AA2 with AS4 Resultados RMSD, desde ligand 2AAX with HCY Resultados RMSD, desde ligand 2AA2 with AS4
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TEST CCgenFF with Bencene molecule
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero presento problemas, retomare para ver si he pasado por alto algunos detalles que antes desconocia. Lo primero que pide es una molecula en formato .mol2 con todos los hidrogenos agregados, esto lo realice con […]