Dinamica molecular

TEST III CCgenFF with aldosterone/ MR CHARMM-GUI

Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron solucionados luego, si desea saltarse ese texto vaya a hasta donde dice LEER DESDE AQUÍ

El archivo utilizado esta  ubicado en el dropbox con el nombre E:\Dropbox\Internado_QYFA_JMCaro\Estructuras MR\MR_Aldo\din1\Aldo
Luego se formo un complejo entre MR y aldo, nombrandolo complex.pdb, al cual se le agregaron todos los hidrogenos, requisito necesario para usar CHARMM

http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader

donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrógenos en formato PDB

Del complejo creado, no leyó el residuo del ligando LIG

lineas 4608-4620

CONECT 4206 4208 4204 4207
CONECT 4222 4219 4224 4225 4223
CONECT 4227 4226
CONECT 4228 4226
MODEL 2
HETATM 1 C1 LIG 1 -9.557 9.003 19.677 1.00 0.00 LIG C
HETATM 2 C2 LIG 1 -10.741 8.451 19.364 1.00 0.00 LIG C
HETATM 3 C3 LIG 1 -9.437 10.442 20.008 1.00 0.00 LIG C
HETATM 4 C4 LIG 1 -18.049 6.020 20.836 1.00 0.00 LIG C
HETATM 5 C5 LIG 1 -10.787 7.004 18.922 1.00 0.00 LIG C
HETATM 6 C6 LIG 1 -10.659 11.310 19.863 1.00 0.00 LIG C
HETATM 7 C7 LIG 1 -11.844 6.198 19.670 1.00 0.00 LIG C
HETATM 8 C8 LIG 1 -11.914 10.527 20.219 1.00 0.00 LIG C

Se procede a buscar en los videos tutoriales de CHARMM-GUI

Protein-Ligand Reading: General Ligand Reading Strategy (186L, 2OI0)

Que vemos de diferencia acá, que utiliza PDB online

Nuestro complejo protein/ligand tiene nombre 2AA2, asi que probare con eso.


información de las moléculas pequeñas

seleccionare los siguiente, imagen auto explicativa.

Error ciclo no deseado

El ligando se ve con un anillo que no esperabamos, error que también se tuvo con OPLS

LEER DESDE AQUÍ

Busco mas información en video tutoriales

Protein-Ligand Reading: Reading Custom Ligands (186L)

En la lectura del PDB 2AA2, notamos que el ligando AS4 volvió a presentar el problema de crear un anillo nuevo, pero modificando la molécula en base al nombre del ligando AS4 ,logramos una correcta presentación. Osea copiamos AS4 y lo pegamos en el primero, en la misma posición.

Resultado final en

https://www.dropbox.com/sh/sze3g5t4c0gn3rs/AADNZiEPawJ_XqCQ6tUCzvDGa?dl=0

y arroja este problema

Con lo que tengo y modificando algunas cosas creo que correrá igual.

Ver solucion en el siguiente post

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