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caver 3.0 Tunnels and channels
Tunnels and channels facilitate the transport of small molecules, ions and water solvent in a large variety of proteins. Characteristics of individual transport pathways, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for understanding of structure-function relationships of these proteins, for the design of new inhibitors and construction of improved biocatalysts. CAVER is a […]
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(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)
CHARMM Es un programa de simulación molecular aplicable a una gran variedad de sistemas conformados por cantidades considerables de partículas, con un conjunto integral de funciones de energía, variedad en métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de múltiples escalas que incluyen QM / MM, MM / CG y una gama de modelos de […]
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Mecanica y dinamica molecular clasica
La dinámica molecular (DM) es una técnica de simulación por computadora en la que se permite que átomos y moléculas interactúen por un período, permitiendo una visualización del movimiento de las partículas. Originalmente fue concebida dentro de la física teórica, aunque hoy en día se utiliza sobre todo en biofísica y ciencia de materiales. […]