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CGenFF running simulations with other programs
Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and unpack the latest CHARMM force field distribution Overwrite the main CGenFF topology and parameter files downladed in the previous step with the CGenFF version that is compatible with the toppar file(s) you got out of the CGenFF program […]
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Procedimiento DM MR/adosterona.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro del PDB, cargamos Ligand ID as4, y vemos la conformación correcta, para luego seguir al siguiente paso.. Next. Tomamos el ligando AS4, que ahora se llamara LIG comprobamos la estructura del ligando Does not show […]
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TEST CCgenFF with Bencene molecule
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero presento problemas, retomare para ver si he pasado por alto algunos detalles que antes desconocia. Lo primero que pide es una molecula en formato .mol2 con todos los hidrogenos agregados, esto lo realice con […]