ver_ http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/files/siam2019-softnextgenplatforms-stone.pdf
Herramienta web para análisis de Dinámica molecular (DM): Modelo de electroporación de membranas celulares
La simulación computacional de moléculas o estructuras biológicas es una poderosa herramienta que permite modelar aquellos fenómenos producidos en la experimentación de laboratorio. Las simulaciones in silico son un complemento para analizar los resultados obtenidos por otros métodos ya sea porque permiten simular escenarios que por su escala nanométrica son difíciles de analizar en el […]
Share this:
QuickFF
QuickFF is a Python package developed at the Center for Molecular Modeling (CMM) to quickly derive accurate force fields from ab initio calculations. This website contains all information on how to install and use QuickFF. A detailed description of the methodology used by QuickFF to derive the force fields can be found in the corresponding papers. QuickFF literature […]
Share this:
Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos de linux para modificar algunos textos.En especifico era el enunciado del uso tr read system values written by CHARMM (need to convert uppercases to lowercases)exec tr “[:upper:]” “[:lower:]” < ../step3_pbcsetup.str | sed -e “s/ =//g” […]