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Miércoles, Junio 11, 2025

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Dinamica molecular

Dinamica molecular

MD 2AA2 with AS4 (aldosterone) equilibration

Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)

Posted on Octubre 12, 2019Octubre 12, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular Software

Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10

En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos […]

Posted on Octubre 12, 2019Octubre 12, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

TEST III CCgenFF with aldosterone/ MR CHARMM-GUI

Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron […]

Posted on Octubre 12, 2019Octubre 12, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI

Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del […]

Posted on Octubre 10, 2019Octubre 10, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

TEST CCgenFF with Bencene molecule

Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero […]

Posted on Octubre 10, 2019Octubre 10, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

CGenFF running simulations with other programs

Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and […]

Posted on Octubre 10, 2019Octubre 10, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

Force field comparison: Amber, GROMOS, CHARMM, OPLS

Posted on Septiembre 2, 2019Octubre 11, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

QuickFF

QuickFF is a Python package developed at the Center for Molecular Modeling (CMM) to quickly derive accurate force fields from ab initio […]

Posted on Agosto 16, 2019Octubre 11, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

MDAnalysis

MDAnalysis documentation¶ Release: 0.19.2 Date: Nov 08, 2018 MDAnalysis (www.mdanalysis.org) is an object-oriented python toolkit to analyze molecular dynamics trajectories generated […]

Posted on Agosto 5, 2019Octubre 11, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)
Dinamica molecular

Molecular Dynamics on GPU

GPUs are getting faster and faster every day can we use them to speed up our molecular dynamics simulations let’s […]

Posted on Mayo 25, 2019Octubre 11, 2019 Author SCOTTxRT Comment(0)

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