Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)
Dinamica molecular
Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos […]
TEST III CCgenFF with aldosterone/ MR CHARMM-GUI
Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI
Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero […]
CGenFF running simulations with other programs
Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and […]
QuickFF
QuickFF is a Python package developed at the Center for Molecular Modeling (CMM) to quickly derive accurate force fields from ab initio […]
MDAnalysis
MDAnalysis documentation¶ Release: 0.19.2 Date: Nov 08, 2018 MDAnalysis (www.mdanalysis.org) is an object-oriented python toolkit to analyze molecular dynamics trajectories generated […]
Molecular Dynamics on GPU
GPUs are getting faster and faster every day can we use them to speed up our molecular dynamics simulations let’s […]