http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.11/notes.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/Lmod https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.10/ug/node84.html http://usuarios.nlhpc.cl/index.php/SLURM https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/mailing_list/namd-l.2015-2016/1054.html https://www.nvidia.com/es-es/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/ https://scitas-data.epfl.ch/confluence/display/DOC/How+to+launch+NAMD
Autor: SCOTTxRT
Procedimiento DM MR/adosterona.
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/ligandrm Primero debemos cerciorarnos que el ligando corresponde, y no forma anillos anexos como es el caso, de AS4 dentro […]
MD 2AA2 With AS4 (Aldosterone) Production
Descargar todos los resultados https://www.dropbox.com/sh/do6utqzuajdr7as/AADcdnAnV-4WbJHGW_LUFZ90a?dl=0
RMSD analysis of trajectory (DCD file) using VMD
Mohamed shehata This video shows you how to calculate the RMSD analysis of aa protein using the software VMD from […]
MD 2AA2 with AS4 (aldosterone) equilibration
Paso de equilibration logrado. próximamente paso de producción. Para luego generar SMD (steered molecular dynamics)
Solución uso Scripts por CHARMM-GUI en windows 10
En el post anterior, ya logramos obtener todos los archivos de configuración y nos encontramos con un problema. Requeria comandos […]
TEST III CCgenFF with aldosterone/ MR CHARMM-GUI
Este texto explica el procedimiento que realice el dia 12/10/19, el cual tiene errores en la marcha los cuales fueron […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule parte II con CHARMM-GUI
Se utilizó http://www.charmm-gui.org/?doc=input/pdbreader donde se agrego una molécula de benceno, con sus hidrogenos en formato PDB leyo la informacion del […]
TEST CCgenFF with Bencene molecule
Este es un test del uso de CCgenFF con una molecula simple de benceno. Antes se utilizo esta herramienta pero […]
CGenFF running simulations with other programs
Running simulations with other programs NAMD The following steps should allow for CGenFF to be used with NAMD: Download and […]